Yogyakarta State University (korábban IKIP Yogyakarta vagy Yogyakarta Tanárképző és Neveléstudományi Intézet) 1964. május 21-én alapították. Történelmileg az IKIP Yogyakarta két oktatási intézmény egyesülése volt: a Gadjah Mada Egyetem Pedagógiai Kar és a Tanári Intézet Oktatás. Ez a két intézmény oktatástudományi és tanárképzési programokat kínált. Magát az egyesülést az Indonéz Köztársaság I / 1963. Számú elnöki rendelete írta elő.
Körülbelül harminchat évvel később, 1999. augusztus 4-én az Indonéz Köztársaság elnöke a 93/1999. Számú elnöki rendelettel hivatalosan kijelentette, hogy az IKIP Yogyakarta-t Yogyakarta State University (rövidítve YSU) alakítják át. Ez az egyetem jogos a nem oktatási programokat is kínálni. Az IKIP Yogyakarta egyetemmé alakítása néhány megfontoláson alapult.
Az egyik az a megfigyelés, miszerint egy oktatási intézmény szervezeti felépítése nem volt elegendő a tudományos fejlődés támogatásához, és hogy az IKIP Yogyakarta diplomások száma, akik nem tanítási területekre léptek be, szintén nőtt. A tágabb megbízatás végrehajtása során az YSU kezdetben 12 nem oktatási alapképzési és hároméves alapképzési diplomát kínált a következő karokon: Nyelv- és Művészetoktatási Kar, Matematikai és Természettudományi Kar, valamint a Mérnöki és Szakképzési Kar. A nem oktatási tanulmányi programok magukba foglalják a Sporttudományi Kar és a Közgazdaságtudományi Kar kínálatait.